phpMyAdminで特権操作しようとしたら、標記のWorningメッセージが…
mysql_fix_privilege_tablesを実行しろということで、結論からいうと、
下記コマンドにて権限操作ができるようになった。

# mysql_fix_privilege_tables --password={*root password*}
# service mysqld restart

このWorningは、MySQLがアップグレードされてるのに、
システムテーブルの更新がされてない場合に発生する模様。

4.5.2. mysql_fix_privilege_tables — MySQL システム テーブルのアップグレード
MySQL のリリースによっては、新たに権限を追加するとき、または新たな機能をサポートするときに、mysql データベースのシステム テーブルのストラクチャを変更できます。新しいバージョンの MySQL にアップグレードするときは、システム テーブルも同様に更新し、ストラクチャが最新であることを確かめる必要があります。これをしないと、この利点を活用できません。

MySQLアップグレード時に、システムテーブルも更新するか否かは任意だけど、
phpMyAdmin側からすると、Mustですよってことなのかな。
mysql_fix_privilege_tablesする前に、msqlコマンドで権限がいじれるか
確認してみたかったとちょっと後悔。